系统园旨在反映不同植物类群之间的亲缘关系和进化历史，将彼此近缘、特征习性相近的植物类群集中在同一分区，并尽可能按进化先后次序种植，从而构建生命之树花园。基于该理念，本系统园的平面轮廓设计为如同一棵树，以展现植物从水生到陆生、从古老到现代的进化历程。其基部是一个水池，之后分为7大分区，对应现生维管植物的7大类群，依次为蕨类植物、裸子植物、基部被子植物、单子叶植物、基部真双子叶植物、超蔷薇类植物和超菊类植物。各个分区的植物划分和布置主要以PPGI、AGP IV等基于分子系统学结果的分类系统为主要依据，代表植物则尽量选择能在北京露地生长的种类。

通过查看不同植物类群在系统发育树上的位置，人们可以了解植物是如何随时间的推移而演变的，并体验植物跨越亿万年演化的生动故事。此外，为增加观赏性和趣味性，系统园周边还种植了一些北方常见的景观树种和花灌木，如玉兰、丁香、牡丹等。