裸子植物是重要的用材树种，它们组成的森林约占全世界森林总面积的80%，这类植物的胚珠外面没有子房壁包被，不形成果皮，种子是裸露的，故称裸子植物。

裸子植物区始建于上世纪60年代，占地面积2.3公顷，该区域保存的裸子植物包括银杏科、松科、柏科、红豆杉科、麻黄科等60余种（品种），其中的花旗松、乔松、水杉、红松、雪松都是我园最先在北京地区引种栽培成功的树种，‘北京乔松’和‘迷你球桧’则是由我园杂交和选育出的优良新品种。

裸子植物区内不仅拥有园内面积最大的草坪，而且小山上的观景阁更是远眺香山和玉泉山的极佳场所。