植物所围绕国民经济主战场及区域发展科技需求，充分发挥在植物学、生态学、农学等领域的优势，扎实推进有重要影响力、有重大经济效益和有重要辐射带动作用的院地合作项目，推动科技成果集成创新和落地转化。研究所全面布局生态草牧业示范区建设、植物工厂建设、国家公园建设、雄安新区植物园建设等国家重大需求项目，先后与三江源国家公园、钱江源国家公园和湖南南山国家公园签署科技合作框架协议，为3个国家公园建设提供系统性科技支撑，全力推进杂交构树扶贫、油用牡丹科技扶贫、高抗性葡萄品种培育、芳香植物资源开发和利用等重大院地合作项目。自2015年以来，植物所与企事业单位签订横向技术合同689项，合同经费2.6亿元，其中500万元以上项目9项，以无形资产作价入股形式参股成立福建省中科生物股份有限公司和中科创构（北京）科技有限公司。自2015-2019年，植物所在中国科学院科技成果在北京转化先进团队评选中，共获得技术转移工作组织奖一等奖1次，三等奖2次，鼓励奖2次，2019年首次获得一等奖。